Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,574,847 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,574,847 | 0 | A | T | 100.0% | 648.8 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,574,848 | 0 | G | C | 100.0% | 645.0 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (156/115); total (156/115) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,574,849 | 0 | T | A | 99.6% | 653.9 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/114); minor base C (0/1); total (156/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TTGATTAGCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGA‑‑‑GCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATC‑GATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGG‑AGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGA > CP042583/1574563‑1575127 ||| gCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGA‑‑‑GCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATC‑GATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAac > 1:2148875/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |