Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,578,636 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,578,636 | 0 | A | T | 99.7% | 789.2 / NA | 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (169/157); total (171/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,578,637 | 0 | G | C | 99.7% | 778.6 / NA | 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (169/157); total (171/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,578,638 | 0 | T | A | 99.1% | 780.5 / NA | 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (169/154); minor base C (2/1); total (171/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTGCGCCGCACCAGTGCACCGCGCGTCAGCCTGGATAAGGTCATCGAAACGATGTACGAAACCGGTAAGGACATGAACGCCAAATACCGCGAA > CP042583/1578355‑1578917 ||| cGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCggg < 1:1756673/289‑1 (MQ=255) gTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGTCCTCTGCGGGTCTTggcg > 2:517558/1‑286 (MQ=255) gTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:1263515/289‑1 (MQ=255) ggTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCggg < 2:2024443/270‑1 (MQ=255) 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tgttgtggcttGGCATTTACAGAAGAAACCGGGGCGGGTGGGCGGATGTTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTTCGGTTTCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCTGTCAGCCCGGAAATCTATACCCGTTACTTTAGTGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGcc < 2:2711651/279‑1 (MQ=255) aTGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGcc < 2:551954/289‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGaa < 1:658038/289‑1 (MQ=255) 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cTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGt > 1:1882627/1‑289 (MQ=255) tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGaa > 2:382622/1‑162 (MQ=255) tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGaa < 1:382622/162‑1 (MQ=255) tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAg > 1:1656147/1‑261 (MQ=255) tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAg < 2:1656147/261‑1 (MQ=255) tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGAACCGGTTGCAGGGCAGGGTCAGGTGCCGTGCATTGGGCGTAATGCCAtt > 2:471842/1‑288 (MQ=255) tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTAAACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGGACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTa < 1:1329851/280‑1 (MQ=255) 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tataCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCcgcgc > 1:2213886/1‑289 (MQ=255) aCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGa < 1:3116364/289‑1 (MQ=255) aCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGa < 1:242279/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |