| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 496,341 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 496,341 | 0 | A | T | 99.6% | 577.1 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/118); minor base G (1/0); total (124/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,342 | 0 | G | C | 100.0% | 576.5 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (124/118); total (124/118) | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,343 | 0 | C | G | 100.0% | 579.7 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (124/118); total (124/118) | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGAGCGTGATTAGCCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAA > CP042583/496064‑496621 ||| aTGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGGCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTg > 2:2789905/1‑289 (MQ=255) tGGTCGGCTGCGGGCTGGCGTGTTGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTgg < 2:1448194/289‑1 (MQ=255) tGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTg < 1:1828137/288‑1 (MQ=255) ggCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGGTGGCGCGGGGCACCTGTGGAATTGGCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGTAGTCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCg < 2:925936/289‑1 (MQ=255) 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ttgGCATTTGTTTCATTGG‑CTTTGTCCTTAATGCACTGATGCCTGGGCCGGCCTTGCTGGCAATTGATTTACTTAGTTTATGGGATGTTTTTTTCGCATCGATGGGCGTTACTGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCTGGAAAACTTAATTCAGGCCAGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTTGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTTCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGACCTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTttat < 2:3140372/288‑1 (MQ=255) ggCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGAGTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGTCTGGGACTACGGGCTGGCGGCCGGCGGCCCGTTTATTCCCttt > 2:2962013/1‑287 (MQ=255) gCTTCATTGGACTGTG‑CCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGTTGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTttatta < 1:2653199/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |