Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,591,626 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,591,626 | 0 | A | T | 99.7% | 821.1 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (175/168); minor base C (1/0); total (176/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,627 | 0 | G | C | 100.0% | 817.8 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (176/168); total (176/168) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,628 | 0 | C | G | 99.4% | 816.9 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (174/168); total (176/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGC‑TTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCG > CP042583/1591347‑1591904 ||| agagGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATtgctg < 1:1526858/289‑1 (MQ=255) agGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCg > 1:3231486/1‑289 (MQ=255) aTGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGaa < 1:1819299/288‑1 (MQ=255) tGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGCTGAACGCGTTACCCTTCGGCCTGCTTCTCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCCATCGCTGCCGTTAATTGCTGCGGa > 1:1791605/1‑286 (MQ=255) 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gggCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTGGTTGGTATTTTCTTTATTcgccgc > 2:1985529/1‑288 (MQ=255) cGACAATTGCTGACCAAATCCTCCCCACTGCACCCTGGAAATGGTTATTTTTACTCAACGTCCCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATTCGTTTTCTCCCCCCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCCGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGC‑t < 2:2926886/289‑1 (MQ=255) gcaATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAt < 2:1606586/254‑1 (MQ=255) aaTCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGC‑TTTCTCTTCCCGTAc < 1:3052986/287‑1 (MQ=255) ttCGCATTCTGTAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGTTGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAGCCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGC‑TTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCgg < 2:2487167/288‑1 (MQ=255) cGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTCGATATTATCACCCTGGTTCTGGCCATGCGCTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGTGCCAGTAAACCGCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTAAAACATCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTAATTGCTGCGGACCTGGTGCTAATGTTTGTTGTTGGTATGTTCTTTATTCACCG‑TAGCATTTCTCTTCCCGAACCgcttctcgcgtgg > 2:3221898/1‑282 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |