Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,592,073 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,592,073 | 0 | A | T | 99.7% | 740.5 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (144/163); minor base C (0/1); total (144/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,592,074 | 0 | G | C | 99.4% | 737.7 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (143/164); minor base A (1/1); total (144/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,592,075 | 0 | T | A | 99.0% | 738.7 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (143/162); minor base C (1/2); total (144/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
GCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGAGTCCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCAGCCTGATGGCTGCGGCTATTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGTTTACGTATCACTCAGCCACGATCCAGGGCATAAAAAAAGCGCGTCGATCAGGACGCGCTTTTTAGTATTTACT > CP042583/1591793‑1592352 ||| gCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAAt < 1:2849349/289‑1 (MQ=255) ggCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAAc < 1:707078/289‑1 (MQ=255) gCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAAcc > 1:303745/1‑289 (MQ=255) aTGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcaca < 1:1894919/289‑1 (MQ=255) aTGGTGTCCCTGCCCGTTTACCTGCAATGCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGATACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATTGCTCCGCTGGCAGGCTGTTTGATTGAACGCGTACCTGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATTGATGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTCTCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcaca < 2:2319818/289‑1 (MQ=255) aTGGGTTCACTGCTCTTTTACCTGCCTACCGTGCCAAGGCGTAGTGAAGTCGAACCAGGTGTACTTCTGACACCGTGGCCGGTAGCAACGATGGTTATGGCTCCGCTGGCATGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTGTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGACCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcac < 2:1337001/288‑1 (MQ=255) cccTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcaca > 1:2649694/1‑282 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |