| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 496,632 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 496,632 | 0 | A | T | 99.7% | 757.1 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,633 | 0 | G | C | 100.0% | 757.0 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (166/154); total (166/154) | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,634 | 0 | T | A | 99.7% | 762.1 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (165/153); total (166/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAA > CP042583/496352‑496912 ||| gcccATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGca < 2:1042050/288‑1 (MQ=255) 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cGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACACCTGGCAGATGTCTGCGGCACAGAGTGGTTTTCTCTTCGCGGCGATACCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCg > 2:532590/1‑289 (MQ=255) cGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACgcgg < 2:133597/260‑1 (MQ=255) cGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAATCATTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCCGGTGGGCCGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGCGCGCCGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACACCGGGCAGATGTCAGCGGCCCAGCCTGGTTTTCTCTACGCGGCTATCCCGCACGGCGCGTCTGTGGGtc > 2:1971616/1‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |