| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,599,117 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,599,117 | 0 | A | T | 99.4% | 803.6 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,599,118 | 0 | G | C | 99.1% | 791.4 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (174/159); total (177/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,599,119 | 0 | C | G | 99.4% | 801.8 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (174/160); total (177/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TGATGTCCTGATCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATAGTCCAGAAGAGAGCAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACAGCACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACAGCTGACTAAACTGGATTTAAATCCTGGTGGTAAAGTCACAGGGGAAATGACCGTTGATCCCAGCGTCGTTACCCTGCTTCGTGAAAATACCCGCATCGAATTACGCAACCCGAAATTATCCCTTAGCGATGCTAATCTCAGCGCCCTGCTGACCGGCAAAACCTTCGAGCTGGTGCCCGGCGATGGCGAGCCACGCAAAGAGTTCGTTGTTGTGCCAGGCGAAAAAGCACTGCTGCATGAACC > CP042583/1598837‑1599397 ||| ggtggccggtgcGAGGGGCGTTTTGCGGATCGGGGGAAAAAAGGGGGGCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAAGGTCAGTATCAGGGGCGCGAAGGGGAAACTGGAAAGCCTGGCGGGACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGt < 2:1905398/278‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |