| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,600,338 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,600,338 | 0 | A | T | 99.7% | 911.8 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (177/205); total (177/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,600,339 | 0 | G | C | 99.7% | 909.7 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (176/206); total (177/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,600,340 | 0 | C | G | 99.0% | 909.4 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (175/204); minor base T (2/2); total (177/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACG > CP042583/1600059‑1600618 ||| cggtaaGCGTAAAGGCGATAAGTGTATTCATTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAAGCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 2:2898803/284‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGTTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 1:2415582/289‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 1:685044/289‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 2:629356/289‑1 (MQ=255) 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tATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACTCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCa > 2:825213/1‑289 (MQ=255) tATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCa > 1:1895141/1‑289 (MQ=255) ttCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACATGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCACGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCTGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATATTTTCCCCCCGACGTATATccaatt > 2:2198246/1‑283 (MQ=255) ttCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGt < 1:1444185/288‑1 (MQ=255) aGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAgg > 1:2242829/1‑288 (MQ=255) gCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAt > 1:3158689/1‑246 (MQ=255) 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aaaaCTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATc > 2:1270153/1‑223 (MQ=255) aaaaCTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGa < 2:482955/288‑1 (MQ=255) gCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTatat > 1:1355103/1‑215 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |