| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 496,851 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 496,851 | 0 | A | T | 99.4% | 845.8 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (189/166); total (192/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,852 | 0 | G | C | 99.4% | 844.9 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (191/165); total (192/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,853 | 0 | C | G | 99.7% | 855.0 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (191/166); total (192/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
TGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAGC > CP042583/496573‑497130 ||| tGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTgcaaac > 1:3100651/1‑289 (MQ=255) ggTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTgcaaacgca < 2:1016116/288‑1 (MQ=255) gTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTAAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTgcaaacgcaa > 1:2175684/1‑288 (MQ=255) gTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCg > 1:2829376/1‑289 (MQ=255) gTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCg > 2:1819939/1‑289 (MQ=255) gTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCg > 1:3185250/1‑289 (MQ=255) ggCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCa > 2:1554035/1‑255 (MQ=255) ggCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCg > 2:888560/1‑289 (MQ=255) tgACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAggg < 2:3185250/289‑1 (MQ=255) ggCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGCATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTa > 2:3111932/1‑288 (MQ=255) gcggatggcagCGGCACGGATTGGTTTTCCCTACGCGGGGGTCCCGGTCGGCGGGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTaa < 2:653819/278‑1 (MQ=255) cagatgtcagCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAAc < 1:2600768/279‑1 (MQ=255) ggCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGa < 1:2653090/287‑1 (MQ=255) acaGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGgcg < 1:2248382/289‑1 (MQ=255) caccgggggggtCCCGGTGGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCGGCGGGAAGCTGGCACATCGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGc < 2:94486/278‑1 (MQ=255) cacaggggcgCTCCCTCGCTGCGCGGGTATTGGTGCGTTAGCCGGAGGGAAGCTGGCCCATGGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTTGTCCCGCTGGGATCGTGCCTAGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGc < 2:2649925/283‑1 (MQ=255) tACGAGGCGATCCCGCGCGGCGGGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGACCATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCg < 2:2837450/289‑1 (MQ=255) cgATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCa > 1:1771213/1‑199 (MQ=255) tCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAgg > 1:2844588/1‑289 (MQ=255) ccGCTCTGCGCGGCTATTGTGGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCTCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcg < 2:3029581/289‑1 (MQ=255) cTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcgcgg > 2:2172886/1‑289 (MQ=255) tCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTTTTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcgcgg < 2:68379/288‑1 (MQ=255) tCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcgcgg < 1:305972/288‑1 (MQ=255) tCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcgcgg < 1:1116089/288‑1 (MQ=255) cGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATaca > 2:465433/1‑194 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |