Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,605,404 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,605,404 | 0 | G | C | 100.0% | 860.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,605,405 | 0 | C | G | 99.7% | 858.9 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (190/170); total (191/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,605,406 | 0 | T | A | 100.0% | 868.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (191/170); total (191/170) |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CGAGCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGGCTGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAG > CP042583/1605124‑1605684 ||| gAGCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGGTTCAGCGAATCGGc > 2:2215625/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |