Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,605,530 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,605,530 | 0 | G | C | 99.4% | 818.8 / ‑2.7 | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (162/180); minor base A (1/1); total (163/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,605,531 | 0 | C | G | 99.7% | 825.9 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (162/181); minor base T (1/0); total (163/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,605,532 | 0 | T | A | 99.7% | 814.2 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (161/181); total (163/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
AAACCAGCATCAGGCTGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAAT > CP042583/1605250‑1605810 ||| cagcgaggTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGAtt < 1:19394/283‑1 (MQ=255) ggTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTg < 1:2499422/288‑1 (MQ=255) gTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCg > 2:2116179/1‑289 (MQ=255) aTAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCa > 2:2560772/1‑285 (MQ=255) 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tAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCa < 1:332144/287‑1 (MQ=255) aaaCGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGa > 1:3288866/1‑289 (MQ=255) cGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGTTTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAggct > 1:2005575/1‑285 (MQ=255) 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cAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACCACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCTGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCTGCAGGATACTGa < 1:1486504/289‑1 (MQ=255) gATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGtt < 1:2039667/289‑1 (MQ=255) atttCCAGCTCAAGGGGTGTTGTCCTTTCGTTTTATGGCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATg < 2:2159209/289‑1 (MQ=255) 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tttCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTc > 1:580990/1‑289 (MQ=255) ttATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCaacg < 1:2433324/289‑3 (MQ=255) aTGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCg > 1:447808/1‑233 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |