| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,605,680 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,605,680 | 0 | A | T | 100.0% | 670.5 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (125/152); total (125/152) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,681 | 0 | C | G | 99.6% | 661.9 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (125/150); minor base A (0/1); total (125/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,682 | 0 | T | A | 100.0% | 672.0 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (125/152); total (125/152) | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGCTACAATATGCCGGTGATCGCTGAAGCGGTTGAACGTGAACAGC > CP042583/1605400‑1605959 ||| tcagcgaaTCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCat < 1:2100313/282‑1 (MQ=255) cagcgaaTCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTTGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCTGTAATGTGTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGTAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGTCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCata < 1:1159703/283‑1 (MQ=255) cagcgaaTCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCata < 1:1363415/283‑1 (MQ=255) cagcgaaTCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCata > 1:78594/7‑289 (MQ=255) 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tttttGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTACCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCt < 2:421575/288‑1 (MQ=255) aaTCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACtt > 1:2717606/1‑289 (MQ=255) cggTTTCAAACCCTTCCGAGAAGGTTCAAGTGAGTGCCTGCGGTGCAGCTGTCCCTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGGTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGA‑TTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGc < 2:672222/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |