Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,617,785 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,617,785 | 0 | A | T | 100.0% | 960.8 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,617,786 | 0 | G | C | 99.8% | 944.9 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (199/198); minor base T (0/1); total (199/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,617,787 | 0 | T | A | 99.2% | 958.8 / ‑4.1 | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (198/197); minor base G (1/2); total (199/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 398 total aligned reads displayed.
CCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAAT‑GGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCTGCGGGTACCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGAC > CP042583/1617515‑1618066 ||| ggTGAATCGGTTGTGTCGCAGCATGGACCCGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAAT‑GGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCAcgatgcg < 1:2038668/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |