| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,622,424 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,622,425 | 0 | C | G | 99.7% | 787.8 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (156/173); minor base T (1/0); total (157/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,622,426 | 0 | T | A | 99.7% | 793.6 / ‑5.4 | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/173); minor base G (1/0); total (157/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
ATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGGCTACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGGCTCCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCACTATAGCTTGTTTTACCCAGTTTGATATTCGTCCCCAGGGGATCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTT‑CATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAACGAAATAACCTT > CP042583/1622146‑1622701 ||| aTCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTg > 1:1661712/1‑289 (MQ=255) cGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTGtt > 1:3289900/1‑289 (MQ=255) aCTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGCGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTGTTTTAccc > 1:2599145/1‑289 (MQ=255) gTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTGTTTTAccc < 1:2140981/278‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |