Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,624,023 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,624,023 | 0 | A | T | 99.8% | 1232.3 / ‑5.8 | 508 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,624,024 | 0 | G | C | 99.6% | 1210.9 / NA | 508 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (256/249); total (256/252) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,624,025 | 0 | T | A | 99.6% | 1215.4 / NA | 508 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (255/248); total (256/252) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 508 total aligned reads displayed.
CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCG > CP042583/1623743‑1624297 ||| ggtggCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTc < 1:1295620/289‑1 (MQ=255) cGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 2:1478337/288‑1 (MQ=255) aaaCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtgg > 2:2941762/1‑289 (MQ=255) aCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtggtg < 1:1626630/289‑1 (MQ=255) aTTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGt > 1:2432629/1‑289 (MQ=255) aTTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGt > 2:1541107/1‑289 (MQ=255) tAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGta > 1:451648/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |