| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,624,609 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,624,609 | 0 | A | T | 99.8% | 1089.1 / NA | 451 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (226/224); total (227/224) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,610 | 0 | G | C | 99.3% | 1081.4 / NA | 451 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (224/224); minor base T (3/0); total (227/224) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,611 | 0 | T | A | 99.8% | 1081.8 / NA | 451 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (227/222); total (227/224) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 451 total aligned reads displayed.
TCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGAGCCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGA > CP042583/1624331‑1624885 ||| tCTGTGCGGTGATTGCCGTTACGCGGCTGGTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGAt < 2:2469274/289‑1 (MQ=255)tCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCGGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGAt < 1:490888/289‑1 (MQ=255) tGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGAt > 1:1363770/1‑285 (MQ=255) tgctgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGa < 1:1669735/289‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGTCGATAAGCCCGGATTCGGCGTttggttgag > 2:2852237/1‑283 (MQ=255) ctgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATg > 1:1062434/1‑289 (MQ=255) tgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATgg < 1:87852/289‑1 (MQ=255) tgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATg < 1:609621/288‑1 (MQ=255) gTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACa > 1:1630428/1‑289 (MQ=255) tGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGa > 1:1086043/1‑289 (MQ=255) cTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCg > 2:1609030/1‑255 (MQ=255) cTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAAt > 1:2181601/1‑289 (MQ=255) cTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGAGCTGGCGTTTGTGTATGGTGTGAACTTACAGCggtggaaat > 2:1813552/1‑281 (MQ=255) agaAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGTTCTGGCGTTTGGTGTTGGGGTGAAATTACAGCGGAGGAAAttggt > 2:1655250/1‑287 (MQ=255) aGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAAttgttgt < 1:2542936/288‑1 (MQ=255) cGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCg > 2:2152495/1‑246 (MQ=255) cGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGa > 1:3315339/1‑289 (MQ=255) tCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGAt < 2:2184536/228‑1 (MQ=255) tCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGAt < 2:280904/228‑1 (MQ=255) tCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATg < 2:2308161/289‑1 (MQ=255) tCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGGTGATGGTGTGAAATTAAAGCGAGTGGAATTGTTGTTGATg > 2:44998/1‑289 (MQ=255) aGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTGGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTGGATggtggt > 2:106718/1‑289 (MQ=255) cTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAAttgtt > 2:1467288/1‑275 (MQ=255) tGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGa < 1:99856/288‑1 (MQ=255) ggggATCGAACCGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACg < 2:3264099/286‑1 (MQ=255) ggCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACg < 1:225417/289‑1 (MQ=255) gCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGa > 2:524658/1‑286 (MQ=255) acacGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGa > 2:2726548/1‑210 (MQ=255) 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tATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGcc > 1:546755/1‑200 (MQ=255) tATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATg > 1:1013819/1‑289 (MQ=255) tGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACa < 2:3321687/232‑1 (MQ=255) gcACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGcc > 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |