Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,627,209 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,627,209 | 0 | A | T | 99.7% | 898.0 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,627,210 | 0 | G | C | 99.7% | 890.0 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (205/167); total (206/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,627,211 | 0 | C | G | 99.7% | 895.3 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (205/167); minor base T (1/0); total (206/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
TGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTTCCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCC > CP042583/1626929‑1627489 ||| tGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTTCAACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTTCGTCTAAt < 2:2158101/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |