Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,631,799 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,631,799 | 0 | A | T | 99.7% | 866.0 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,631,800 | 0 | G | C | 99.7% | 862.0 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (169/190); minor base A (1/0); total (170/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,631,801 | 0 | T | A | 99.7% | 866.6 / ‑5.2 | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (170/188); minor base G (0/1); total (170/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
CTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCAGTCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGT > CP042583/1631531‑1632080 ||| cTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGcc < 2:2084418/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |