Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,638,704 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,638,704 | 0 | G | C | 99.3% | 663.3 / ‑2.8 | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,638,705 | 0 | C | G | 100.0% | 666.7 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (131/148); total (131/148) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,638,706 | 0 | T | A | 100.0% | 675.1 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (131/148); total (131/148) |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGGCTGGCAATATCCATGGCATCAAAAGAATGGCAACTACGGCACGTTGCAGAGTCAGTGGCTTTTAATTCTTTCCATACTGTTTCGGCCATTTCCTGGCGATGAGCTTCGAACTTATCGTCACTGTCTATTTTGCCGCTAACAAATTCATGATAAATATCTTTAGATGCCTTTAATTTAGCAAATAAATAATCCATCCCACTCTTTGGAATATGGCAATCGGCACATTCCGCACGTATCCCTTTCTGGTTGCTAAAGTGGACAGTTCCCTGATATTCCTCAAAAGGTTTACTCATGCTGTGGCAGGAAAGGCAAAATGCTGTATCGCTCGTTTTATGTAAGACTTTTTGCGCCAGCAATAACCCGCCGCCACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCG > CP042583/1638426‑1638984 ||| ttATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATGGCATCAAAAGAATGGCAACTACGGCACGTTGCAGAGTCAGTGGCTTTTAATTCTTTCCATACTGTTTCGGCCATTTCCTGGCGATGAGCTTCGAACTTATCGTCACTGTCTATTTTGCCGCTAACAAATTCATGATAAATATCTTTAGATGCCTTTAATTTAGCAAATAAATAATCCATCCCTGACTTTGGAATATGGCAATCGGCACATTCCGCACGTATCCCTTTCTGGTTCGAAAAGTGGa < 1:1040083/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |