| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 443,321 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 443,321 | 0 | A | T | 98.9% | 850.7 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (175/184); minor base G (2/2); total (178/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 443,322 | 0 | G | C | 99.2% | 850.5 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base C (175/186); total (178/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 443,323 | 0 | C | G | 99.7% | 863.7 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (177/185); total (178/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
CGAAGAACTTGAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACAGCCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGAGCGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTGACGCGGTATTCAGCATTTTGCCTCGTCTGGCACCTTTAGCCGAAGTGCTCGCCAGCGGTGAAACCAATCTCTTCAACAGCGCGCGAAATATTGCCTGCGCCATTAAAATAGGTCAGGGAATTAAAAACTAACCCTTACCTTTAAAGCGGATGCGATTTATATCGCATAAGAGTGCAGTACTCATGCCGGATGC > CP042583/443050‑443601 ||| cGAAGAACTTGAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGtt < 1:2374425/288‑1 (MQ=255) tGAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAg > 1:2187993/1‑274 (MQ=255) gAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCCAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGGGGCGTGGGTGGGGACCGAGCTTAATGtcacgg > 2:2309554/1‑284 (MQ=255) cAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCAGCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGGGTGGCGGCGGTGGGGGAGCAGTTTAATGTCCCGGTGATGGGGATTg > 2:1387903/1‑289 (MQ=255) 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cAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGGGTGGCGTGGGTGGCGACGCAGTTTAATGTACCGGGGATGGGGATGGTCGGCGGTGTGGGGGGTGGCGGGGagt > 2:65/1‑287 (MQ=255) aaaCTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGa < 1:475779/286‑1 (MQ=255) aaaCTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAg < 1:339815/288‑1 (MQ=255) 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ttGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTGACGCGGTATTCAGCATTTTGCCTCGTCTGGCACCttt > 1:2354739/1‑289 (MQ=255) tGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGa < 2:2773966/219‑1 (MQ=255) gcggcggcgGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTGACGCGGTATTCAGCATTTTGCCTCGTCTGGCACCTTTa > 1:2062174/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |