| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,644,337 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,644,337 | 0 | G | C | 100.0% | 837.5 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (161/191); total (161/191) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,644,338 | 0 | C | G | 99.4% | 835.9 / ‑5.3 | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (160/190); minor base T (1/1); total (161/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,644,339 | 0 | T | A | 99.2% | 838.7 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (158/191); minor base C (3/0); total (161/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
TTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTAGCCGAGCATCCTGCAGCGCGAAAAGAGTTATTGCCAGTAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGGCTCATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCGCTCGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGGCTAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGCGTCACTAAGCCCACGTCAGAGTAGCGGAATATTTTCATCAGTAATTTACGGTCAAAATGCTGATTCAAATAATAAAGCGGCGTCCAGCCTAAT > CP042583/1644057‑1644616 ||| ttGCGGGAATGACAATCACAGTTTCGTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGt < 2:2183272/289‑1 (MQ=255) gCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCa < 2:3013965/289‑1 (MQ=255) aatcacaGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATcc > 1:486467/1‑289 (MQ=255) tcttttcgcGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCt > 1:1683161/9‑288 (MQ=255) 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gAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGtt < 2:508005/289‑1 (MQ=255) ttgcctcaagtGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAAcg < 2:937189/281‑1 (MQ=255) tgcctcaagtGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGGGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAAcgc < 1:3005054/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |