Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,644,439 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,644,439 | 0 | G | C | 99.8% | 1003.0 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,644,440 | 0 | C | G | 99.8% | 1007.5 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (196/224); total (197/224) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,644,441 | 0 | T | A | 99.8% | 1012.9 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (195/224); total (197/224) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
TTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGGCTCATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCGCTCGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGGCTAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGCGTCACTAAGCCCACGTCAGAGTAGCGGAATATTTTCATCAGTAATTTACGGTCAAAATGCTGATTCAAATAATAAAGCGGCGTCCAGCCTAATTGCCCGTATTTACCATTAATTCGTCCAGCTTCATTTTCGAGCTGATGACGAATATCCTGATAGGCTTGCACATCACCACGGCTCGTTGGTGCAATCT > CP042583/1644162‑1644713 ||| ttAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAaagaacaag < 1:1358173/289‑1 (MQ=255) tcctACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAAAGCCCg > 1:1248815/4‑289 (MQ=255) cGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTg > 1:1562418/1‑289 (MQ=255) aaGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCt < 1:1607772/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |