| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,654,069 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,654,069 | 0 | A | T | 99.3% | 1054.7 / NA | 440 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.17e-02 | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (241/198); minor base A (0/1); total (241/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,071 | 0 | C | G | 99.8% | 1056.7 / NA | 440 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (240/199); minor base T (1/0); total (241/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
TGGCTGCGGCCGGTGTTGGTTTTAGCGTTACGTTAATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGAGCGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAA‑CTAGTCTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGG‑TGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCG‑CATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGAGCTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTC > CP042583/1653791‑1654348 ||| tggctgCGGCCGGTGTTGGTTTTAGCGTTACGTTAATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGCCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAAcc > 1:226186/1‑287 (MQ=255) tacgttaATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCGGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGAAAGGTGTTTCTATTTCGTCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTGCACTTgtgtt > 2:2003680/1‑286 (MQ=255) tacgttaATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCGTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGTACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGcc > 2:2681647/1‑289 (MQ=255) acgttaATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCg > 2:155162/1‑289 (MQ=255) gttgATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGGGGtt > 1:2802934/1‑289 (MQ=255) cacGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGACTTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTCGACAGGTATTTCTATGTCGTCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTTTTGCCGGTGGCGGGGTTTGTGTCGGAATCTA‑CCTGGTCGatttgttt > 2:1897544/1‑289 (MQ=255) cgcTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTTGCGTGGGTTGTGTCGGAA‑CTTCCCTTGTCGATTTATTTAACCg > 2:2573459/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |