| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,654,132 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,654,132 | 0 | A | T | 99.6% | 1151.5 / NA | 482 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,133 | 0 | G | C | 99.4% | 1137.8 / ‑6.4 | 482 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base C (241/234); minor base A (0/3); total (245/237) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,134 | 0 | T | A | 98.8% | 1146.9 / NA | 482 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (239/235); minor base C (4/2); total (245/237) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 482 total aligned reads displayed.
TGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGAGCGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTAGTCTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGG‑TGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCG‑CATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGAGCTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTG > CP042583/1653854‑1654409 ||| cacGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGatttattt > 2:2647825/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |