| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,654,570 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,654,570 | 0 | A | T | 100.0% | 845.3 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (186/164); total (186/164) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,571 | 0 | G | C | 99.4% | 837.6 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (185/163); minor base A (1/1); total (186/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,572 | 0 | T | A | 99.7% | 836.9 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (185/164); minor base C (1/0); total (186/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATAGTACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTAGCCTGTTGAC‑CTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTG > CP042583/1654294‑1654851 ||| tttGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGgcg < 2:1666142/289‑1 (MQ=255) tggttgtacaggTAGCGTGCCCGGTATTTTAAGCTATATGGCTGACAACATTCGTGAGCTACGCTGGGTCTTTATGTTCGGTATTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAGCCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGgcgtt < 2:2267788/279‑1 (MQ=255) ttttCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGgcgttgcg < 1:3057191/289‑1 (MQ=255) tttAACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGgcgttgcg < 1:2831487/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |