Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,654,771 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,654,771 | 0 | A | T | 99.7% | 864.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,654,772 | 0 | G | C | 99.5% | 852.9 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (173/186); minor base T (1/1); total (174/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,654,773 | 0 | C | G | 99.7% | 853.8 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (172/187); total (174/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTAGCCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCACGGGCAAGGATCGTTACGCCCC > CP042583/1654495‑1655051 ||| gCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGa > 1:1909787/1‑286 (MQ=255) tACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCa > 2:2144088/1‑289 (MQ=255) tACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCa > 1:469917/1‑289 (MQ=255) tACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGGACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCa > 2:1648133/1‑289 (MQ=255) aCGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCaa > 2:667904/1‑289 (MQ=255) aaTGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGa > 1:1279489/1‑289 (MQ=255) gAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGtt > 1:628298/1‑289 (MQ=255) cTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc < 2:628298/288‑1 (MQ=255) cTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATGTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCCGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc < 1:1522444/288‑1 (MQ=255) tGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAcc < 2:2058563/288‑1 (MQ=255) 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ggCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATACCTTCGCTGTTGACCTGGCATAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGGGGGTTACCGGGTCACAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGCGGGGGGGGTTCGCGGTGGTTTTGGGGTGTTTg > 2:1156523/1‑289 (MQ=255) aTTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACCGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGGGGTCGTCCGGCCCCGGTGGTGGTGGTTCTCCGTGGTATTGATGTGGTTGGCggt > 2:1741751/1‑287 (MQ=255) tttGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCATTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGgtggtggtg > 1:742163/1‑258 (MQ=255) 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gcgttcaaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTc < 2:530707/178‑1 (MQ=255) gcgttcaaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc > 1:2055773/8‑196 (MQ=255) cgttcaaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc < 2:1464520/189‑1 (MQ=255) ttcaaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTATGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCa > 2:3299527/5‑289 (MQ=255) 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GCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTAGCCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCACGGGCAAGGATCGTTACGCCCC > CP042583/1654495‑1655051 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |