Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,657,628 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,657,628 | 0 | G | C | 99.8% | 1019.9 / NA | 430 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,657,629 | 0 | C | G | 99.8% | 1030.9 / NA | 430 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (222/207); minor base T (1/0); total (223/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,657,630 | 0 | T | A | 99.5% | 1019.9 / NA | 430 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (220/207); total (223/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 430 total aligned reads displayed.
ACATCCGGGATCTTACTGTCGTCAATGGCTTTACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCA‑CTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGGCTAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCACTAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTG > CP042583/1657356‑1657907 ||| tCTTACTGTCGTCAATGGCTTTACCATAACGCCTACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCA‑CTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTcg < 1:705649/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |