| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,661,861 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,661,861 | 0 | A | T | 99.7% | 844.0 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,661,862 | 0 | G | C | 100.0% | 845.0 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (168/184); total (168/184) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,661,863 | 0 | C | G | 100.0% | 849.2 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (168/184); total (168/184) | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
GTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGTTTGAGCCGAACCGAAAGCAGTATGTTGCGAATGTGGATGGCAGGTCAGGGAACCATTCAAATCTCTGACCAAATGAATATCAAAGCCAAGACCGTTAGTAGCCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCT > CP042583/1661587‑1662141 ||| aaTGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCAAATCGAGTATTTTGCGAATGTGGa > 2:1972794/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |