Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,667,069 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,667,069 | 0 | A | T | 99.3% | 638.3 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/138); minor base C (1/1); total (131/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,070 | 0 | G | C | 99.6% | 641.7 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/138); minor base A (0/1); total (131/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,071 | 0 | T | A | 100.0% | 650.3 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (131/139); total (131/139) |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ATATCATCGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCAGTACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGC‑CGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGC > CP042583/1666790‑1667350 ||| atatCATCGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCACTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTAtt > 2:1564751/1‑289 (MQ=255) 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tgtAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCgg > 2:640658/1‑289 (MQ=255) tAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATggcgg < 1:2734236/265‑1 (MQ=255) tGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTAt > 1:1980537/1‑289 (MQ=255) 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