Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,669,526 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,669,526 | 0 | G | C | 99.7% | 832.4 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,527 | 0 | C | G | 99.7% | 823.2 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (177/169); total (179/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,528 | 0 | T | A | 99.4% | 831.9 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (178/168); total (179/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
GCAAAACCGTGCGCCCGCCCGAGGCTGTTCTTTTTGCTTACGCCAGCCAGGCTAAATGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTG‑TGCGGCATTCCCGGTG > CP042583/1669248‑1669805 ||| gTGCGCCCGCCCGAGCGAGTTCTTTTTCGATACGCCAGCCAGCGAAAATGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACgg > 1:400823/1‑289 (MQ=255) 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CP042583/1669248‑1669805 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |