| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,676,503 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,676,503 | 0 | A | T | 99.7% | 767.3 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (176/141); minor base C (1/0); total (177/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,676,504 | 0 | G | C | 100.0% | 764.5 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (177/141); total (177/141) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,676,505 | 0 | C | G | 99.7% | 763.4 / ‑4.9 | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/140); minor base A (0/1); total (177/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCAGCGTAGCAACGGCAGCATTTAGTTTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATACCGCCAAAACAGATAAGGATGGACGAATTAAGGCACTGTGGCCCGAGCAAACTGCAACTACGGGCGATTACCGTGTCGTATTTAAAACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAA > CP042583/1676224‑1676781 ||| aTCTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCAttttcatta > 1:39787/1‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |