Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,678,408 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,678,408 | 0 | A | T | 99.7% | 877.2 / ‑4.5 | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,678,409 | 0 | G | C | 99.7% | 861.8 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (171/189); minor base T (1/0); total (172/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,678,410 | 0 | T | A | 100.0% | 877.2 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (172/190); total (172/190) |
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
TCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGATGTGGCGCG > CP042583/1678134‑1678689 ||| aGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCa > 2:1577315/1‑289 (MQ=255) aCTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAAc < 1:3322831/289‑1 (MQ=255) gTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACtag > 1:1873124/1‑286 (MQ=255) actgcactgAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGc > 1:2933167/1‑289 (MQ=255) actgcactgAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGc < 1:676434/289‑1 (MQ=255) actgcactgAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGc < 1:1826729/289‑1 (MQ=255) actgAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTACGTTTCACT‑TAACCCAGGCCGAT‑CAGCGAAAACTCGGCAAGCACttg > 1:2991360/1‑286 (MQ=255) 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aaaaCCGTCGTATTTGTTACGAACTGGCCGCCGGTTAGGCTTTTGGTGCTTTGCCTGGGCGAAACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACAt < 2:2973801/289‑1 (MQ=255) aaaaCAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACAt < 1:2000510/289‑1 (MQ=255) tACTCACGCGCCGCCTGTTAGGATTAGGGTTCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCTGTGaa < 2:240993/289‑1 (MQ=255) 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TCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGG‑CGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGATGTGGCGCG > CP042583/1678134‑1678689 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |