| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,680,065 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,680,065 | 0 | A | T | 100.0% | 753.3 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,680,066 | 0 | G | C | 99.4% | 740.4 / ‑4.8 | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (163/145); minor base T (1/1); total (164/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,680,067 | 0 | T | A | 100.0% | 756.4 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (164/147); total (164/147) | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCAGTAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCA > CP042583/1679786‑1680345 ||| cACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGAt > 2:544472/1‑289 (MQ=255) 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GCACTATCAATTTTTTAAATAACAAATTATTAAAACCACATCTGTATAAGGAATTTTTAAGGTTCGTGGGATAGCTTGACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCAGTAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCA > CP042583/1679786‑1680345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |