Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,680,143 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,680,143 | 0 | A | T | 99.7% | 771.2 / ‑5.2 | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,144 | 0 | G | C | 100.0% | 765.2 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (170/150); total (170/150) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,145 | 0 | C | G | 99.4% | 766.2 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (170/148); minor base T (0/2); total (170/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCAGTAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCACGCTGGCGCAGCACTCTTTCATCACTACATTCAGAAAGATAATACTCTGTTACGAATGATGCCTCGCCGCAAATAAGTC > CP042583/1679868‑1680424 ||| tgAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGcaca > 1:1893884/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |