| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 504,775 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 504,775 | 0 | A | T | 99.3% | 728.6 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/160); minor base G (2/0); total (145/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,776 | 0 | G | C | 100.0% | 731.7 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (145/160); total (145/160) | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,777 | 0 | C | G | 100.0% | 729.5 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (145/160); total (145/160) | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGAGCATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATAGTCTGCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTA > CP042583/504503‑505052 ||| ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGttc > 1:905196/1‑287 (MQ=255) cTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGc > 2:1212176/1‑289 (MQ=255) tGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCt < 1:2251941/289‑1 (MQ=255) acgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCgg < 2:266320/288‑1 (MQ=255) cGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGc < 1:384424/286‑1 (MQ=255) cGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGc < 1:2657436/286‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGcc < 2:1307593/263‑1 (MQ=255) tACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGAGGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGCGGTGACTAGCTGGGCCTTTAGCCTTACACCACAGACGCTAAACCAGATTGCCACCGTAGTGGGTGTACAGTCGATCATTTCCCCTTCTGGCGGTGCGCGGACCCCGGCGGTGGGGATGGCCCACAtccgcccggcc > 2:2480026/1‑278 (MQ=255) ggTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGgcgcg < 2:1826164/288‑1 (MQ=255) ggtGTTAATGGATTTCGTCTTGGCGATTAGGGCGCTTGTTTCCGCCTATACCTTGGGTCCGGGCGTGTATTTGGCCAGGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGTCTCAGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCGTCTGCCGCGCAGGTGGTGTGTAGCTGGCGCTTTAGAATTACACCAAATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTACCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACTGCGCGCTggg < 2:141183/286‑1 (MQ=255) gATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCt < 1:1392391/266‑1 (MQ=255) aTGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAATCAGATTGCCGGCGAAGTGGGTGACCAGGCGATCATTTCCCGTTCGGGCGGTGCGCCGGCGTCGGCGGGGGTGCTGGCCTACATTTTGCACCGCGTGCTGggcg > 2:219042/1‑289 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGTCGGTGTGCCGACGCTGGTGGTGGGGATTGCTTACATTCTGCa > 2:2541875/1‑272 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGa < 2:2354606/256‑1 (MQ=255) tGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGt > 1:1100818/1‑288 (MQ=255) cGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTggg < 2:2703172/265‑1 (MQ=255) cGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTggg > 1:2703172/1‑265 (MQ=255) aTTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCt < 2:575334/241‑1 (MQ=255) aTTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCt > 1:575334/1‑241 (MQ=255) 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cccGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGAtgtg > 1:1162365/1‑220 (MQ=255) cccGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGATGGGCGGCATGATGGAGGTGGCGTTGTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATACTGAGGGCGGTGGagccgggtct > 2:1705360/1‑279 (MQ=255) tGGCTCCGGCAGGGACGGCGGATGTGGTCGCTTCTGCCGCGCAGGTGGTGAGTAGCTGGGGCTTTAGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCt < 1:3210386/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |