| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,686,499 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,686,499 | 0 | A | T | 99.4% | 801.5 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,686,500 | 0 | G | C | 99.4% | 803.9 / ‑6.6 | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (163/170); minor base T (1/1); total (164/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,686,501 | 0 | T | A | 99.7% | 808.8 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (163/171); minor base C (1/0); total (164/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCAGCATAGAAAGTGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACAAGTATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTG‑AGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTAGTCCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGAAAAT > CP042583/1686221‑1686780 ||| cATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCCAGCTTACCACATCAATTAATGTCAACGCTGAt > 2:3115949/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |