Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,691,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,691,994 | 0 | A | T | 99.4% | 856.9 / ‑1.8 | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,691,995 | 0 | G | C | 99.2% | 831.6 / ‑4.9 | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (189/163); minor base T (2/1); total (191/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,691,996 | 0 | T | A | 100.0% | 864.2 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (191/165); total (191/165) |
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
TCAGTATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATCGTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691716‑1692275 ||| tgaCGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCt > 2:259525/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTTCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGTATTAGGGGCTACcg > 2:1309824/1‑288 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCT‑GGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgc > 1:1678825/1‑288 (MQ=255) gACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgcgcg < 2:2869445/289‑1 (MQ=255) aCAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTACGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACtt < 2:1396045/289‑1 (MQ=255) tGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTg < 1:1452420/288‑1 (MQ=255) gcgcATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTTCCGGCCGAACTTTTCCTTCATTTTGGTTTTCTg > 2:1766639/1‑289 (MQ=255) 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ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAAGTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACtt < 2:3072607/231‑1 (MQ=255) cATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAg < 2:171729/262‑1 (MQ=255) cATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAg > 1:171729/1‑262 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |