| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,693,097 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,693,097 | 0 | A | T | 99.8% | 1031.4 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,693,098 | 0 | G | C | 99.8% | 1032.3 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (237/193); minor base T (0/1); total (237/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,693,099 | 0 | C | G | 100.0% | 1038.2 / NA | 431 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (237/194); total (237/194) | |||||||||||
Only 100 of 431 total aligned reads displayed.
CGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGG > CP042583/1692820‑1693372 ||| caccacGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCCTTTTGATGCTCGCCGCTTCGAt > 2:1839980/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |