| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,694,654 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,694,654 | 0 | A | T | 99.0% | 748.8 / ‑3.2 | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,694,655 | 0 | G | C | 100.0% | 744.6 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (154/158); total (154/158) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,694,656 | 0 | T | A | 100.0% | 756.0 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (154/158); total (154/158) | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
CCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCAGTATGATTATCGCCGAGACATTGACTAGTAATGTTAACCGTACGATTGCTAACGTTCGCACAATTTTCAATAAAAAAGGCGGCAATATCGGAGCGGCAGGTTCTGTCAGCTATATGTTTGACAATACGGGTGTGATTGTATTTAAAGGGACAGACCCTGACCATATTTTTGAAATTTTACTTGAAGCTGAAGTTGATGTTCGTGATGTGACTGAAGAAGAAGGTAACATTGTTATTTATACTGAACCTACTGACCTTCATAAAGGAATCGCGGCTCTAAAA > CP042583/1694378‑1694935 ||| tGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCTCAATGATTAt < 1:1845443/283‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |