| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,697,823 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,697,823 | 0 | A | T | 99.7% | 846.5 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (194/158); total (195/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,697,824 | 0 | C | G | 99.4% | 838.8 / ‑6.7 | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (192/157); minor base A (2/0); total (195/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,697,825 | 0 | T | A | 99.4% | 841.3 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (195/155); minor base G (0/2); total (195/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CACTCAGTCCTGCATTACAAAGTTCCAGAAAGCGCCAGACATAGTTACGCTGAAGTTGTCCTCGCTTCAGTCCCAACCAGACAGTATTAGCATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGACTGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATACTTTCCAGCGTCAATGGACTAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACAAGCAAACTATGGTGCCAACGAAACCACGGGAAGGCGACGAGCTGCGGGTCATTACTCAAACGCTCGCTG‑GCGATACCAATATCAGCTTCGCCATTTTGCAACAATGTCGCAATTTCCTGTGGCGTCCCCTGGATTAGCTCGAGCCGAACCTCCGGGAAAAGTTCGCGAAAAGCTTTAAT > CP042583/1697549‑1698104 ||| ctgacAGTCCTGCATTACAAAGTTCCAGAAAGCGCCAGACATAGTTACGCTGAAGTTGTCCTCGCTTCAGTCCCAACCAGACAGTATTAGCATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTaa > 2:707330/5‑288 (MQ=255) ttACAAAGTTCCAGAAAGCGCCAGACATAGTTACGCTGAAGTTGTCCTCGCTTCAGTCCCAACCAGACAGTATTAGCATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAg < 1:707330/289‑1 (MQ=255) cAAAGTTCCAGAAAGCGCCAGACATAGTTACGCTGAAGTTGTCCTCGCTTCAGTCCCAACCAGACAGTATTAGCATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTg > 2:1625971/1‑278 (MQ=255) ttCCAGAAAGCGCCAGACATAGTTACGCTGAAGTTGTCCTCGCTTCAGTCCCAACCAGACAGTATTAGCATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGt > 1:2316081/1‑278 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |