| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,700,607 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,700,607 | 0 | G | C | 99.7% | 918.0 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (189/195); total (191/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,700,608 | 0 | C | G | 99.7% | 922.3 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (191/194); minor base A (0/1); total (191/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,700,609 | 0 | T | A | 99.2% | 921.5 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (191/192); minor base C (0/3); total (191/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
GGGCCCGCAGGAACAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGGCTGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAAGCTCTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAAACTGCAAAGAATATTTACACGACGCATCATGTCCCTTTCCTATGTCGCGAAAGCTATCCGTTAAGTATA > CP042583/1700329‑1700888 ||| gggCCCGCAGGAACAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACt > 1:1335668/1‑289 (MQ=255) 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GGGCCCGCAGGAACAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGGCTGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAAGCTCTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAAACTGCAAAGAATATTTACACGACGCATCATGTCCCTTTCCTATGTCGCGAAAGCTATCCGTTAAGTATA > CP042583/1700329‑1700888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |