Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,702,335 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,702,335 | 0 | G | C | 99.7% | 800.6 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,702,336 | 0 | C | G | 99.7% | 793.7 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (163/169); total (164/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,702,337 | 0 | T | A | 99.1% | 791.0 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (161/168); minor base C (2/1); total (164/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TATCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGGCTTGCAAGGATGCTTTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCA > CP042583/1702058‑1702614 ||| taccGCCCGTTTTCCCGCCAGGCGTACGTTAGAGAAGATGAACGAGGATGAAAATCGCGACCATCGTCACAACAATAGCATCCACACCATGCATACCCGGAAATAATACGGCAGCAAAAATCGAGGCTAAGCCGAGTGTGACCCAGGTTTGGCGCCCATAAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTCCCCGCGCATAACGATGACGATACATAAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGAACATGCTGTCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACg < 2:1445719/286‑1 (MQ=255) tATCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACg < 2:1148891/289‑1 (MQ=255) aTCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGc > 1:2232208/1‑289 (MQ=255) gTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCCCATTCCGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAAAGcaa > 2:1539015/1‑287 (MQ=255) 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caccacCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTg < 2:1356617/288‑1 (MQ=255) gcCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTTTCGCCCATCAATTTTGACAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCCCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCCGACCGCACATGCCGCCGCCAGCCATGCCAGAATCGACTCGCCAAGCAGAACCAACTCGCTTAACACCACAACCTTTGCCAGTACCACACAAAACAATGCCACACCGCCGTCGGTCCCACAACga > 2:343670/1‑287 (MQ=255) cacaCCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGc < 2:2520173/240‑1 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCCGGGGTGCCTAAACGGcca > 2:2219936/1‑286 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCACGCATAACGCTGACGATACATCAATAATGCGGCACTCACGCGGCTGACCGCCCATGCTTCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACTCCTAGCCAACCAGCCTAATCACAAAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAAAGCCAGACCGCCCTGGGCGCCTAAACGGCCAt > 2:1610711/1‑289 (MQ=255) aTGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACgg > 1:425348/1‑280 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |