Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,710,862 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,710,862 | 0 | A | T | 100.0% | 743.5 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (136/171); minor base T (1/0); total (137/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,710,864 | 0 | T | A | 99.7% | 737.8 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/170); minor base C (0/1); total (137/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GTCATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGACTTGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCGCTTAATAATACGACGATTTAACGGCTCTTCTTCCAGGGCTAACGGATGATGAGGCGCGACCGCAAAGACTTGTTCCAGATCGCCCAACCGACTAAAACCAAACTCACTGGAAGATGGTGGCTCATGCATCGCGCCAACAATAATATCCGCTCGCCCCTGAGTCAGGGCATCCCAACTACCACCGAGTACGCCATTGATAAACTTCAGGCGCGTCACGCTATG > CP042583/1710583‑1711140 ||| ttttGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCTGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAgcg < 1:3264863/286‑1 (MQ=255) 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GTCATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGACTTGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCGCTTAATAATACGACGATTTAACGGCTCTTCTTCCAGGGCTAACGGATGATGAGGCGCGACCGCAAAGACTTGTTCCAGATCGCCCAACCGACTAAAACCAAACTCACTGGAAGATGGTGGCTCATGCATCGCGCCAACAATAATATCCGCTCGCCCCTGAGTCAGGGCATCCCAACTACCACCGAGTACGCCATTGATAAACTTCAGGCGCGTCACGCTATG > CP042583/1710583‑1711140 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |