| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 508,596 | 9 bp→TGATGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 508,596 | 0 | A | T | 98.9% | 661.1 / ‑5.5 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (145/132); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,597 | 0 | C | G | 98.9% | 665.0 / ‑5.5 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (145/132); minor base T (2/1); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,598 | 0 | T | A | 98.2% | 655.3 / ‑5.5 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base A (144/132); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,599 | 0 | A | T | 98.2% | 659.0 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/1); new base T (144/132); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,600 | 0 | C | G | 98.9% | 661.8 / ‑2.4 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (145/132); minor base A (3/0); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,601 | 0 | T | A | 98.6% | 661.2 / ‑5.2 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/0); new base A (145/132); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,602 | 0 | A | T | 98.9% | 662.2 / ‑6.3 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (145/132); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,603 | 0 | C | G | 99.3% | 672.1 / ‑4.8 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (147/133); minor base T (2/0); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,604 | 0 | T | A | 99.3% | 667.1 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (147/133); total (150/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑ACTACTA‑CT‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTT > CP042583/508334‑508865 |||||||||| ggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCCGACAGGTCACCGGCACATACGCTTTTAAGCGTCATTTT‑A‑ATTATTA‑TTAGCCTTTTCCAATTTCAtt > 2:421945/1‑287 (MQ=255) ggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTCCGGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCGAGCCATTCCCATCTATTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATg < 2:2706038/288‑1 (MQ=255) cGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATc < 2:3025937/289‑1 (MQ=255) cggCCGTTAATTTGCTTCAGGCTCAGCACGTCTTCGCTGTCCATTCCCAGCTATTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCACCTGGCTAAGGTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGAGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCAt < 2:3221666/288‑1 (MQ=255) 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gTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGa > 1:3146162/1‑289 (MQ=255) aCCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCt > 1:1778717/1‑263 (MQ=255) aaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTaaaa > 2:342080/1‑122 (MQ=255) aaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCca > 2:1833539/1‑220 (MQ=255) aaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCca < 1:1833539/220‑1 (MQ=255) ccTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GA‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAAtggg > 2:1528533/1‑107 (MQ=255) |||||||||| GGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑ACTACTA‑CT‑GCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTT > CP042583/508334‑508865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |