| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,722,499 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,722,499 | 0 | A | T | 100.0% | 661.5 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,722,500 | 0 | C | G | 100.0% | 651.0 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (128/144); total (128/144) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,722,501 | 0 | T | A | 99.6% | 655.3 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/144); minor base G (1/0); total (128/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
AGTACGCCACGCGCATCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCACTACGCTCACCGATGACAATACGACTAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAAC > CP042583/1722219‑1722777 ||| aGTACGCCACGCGCGTCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGttgatttgat < 2:2825234/289‑1 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AGTACGCCACGCGCATCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCACTACGCTCACCGATGACAATACGACTAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAAC > CP042583/1722219‑1722777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |