Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,725,243 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,725,243 | 0 | A | T | 99.4% | 861.0 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,725,244 | 0 | G | C | 100.0% | 864.1 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (181/177); total (181/177) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,725,245 | 0 | T | A | 99.7% | 858.5 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (180/177); minor base C (1/0); total (181/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
CGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGG‑TGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACG‑AACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTT > CP042583/1724963‑1725515 ||| cAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGG‑TGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACG‑AACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGa < 1:279562/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |