Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,730,760 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,730,760 | 0 | A | T | 100.0% | 837.1 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (172/175); total (172/175) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,730,761 | 0 | G | C | 99.7% | 824.5 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (172/174); minor base A (0/1); total (172/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,730,762 | 0 | C | G | 99.7% | 822.8 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (172/174); total (172/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
AGCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGAGTGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGAGCCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTAGCATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGATGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGAGCCTGATGATGGCCGCGGATCCCTCCCTGCTTGCTACGCCGCGTACGTACCTGATGAGCCATATGCCGTGGCTACCGTTTTTGCTGATCCTGCTGCCCGCCAACATCATGACCATGGTGATG > CP042583/1730480‑1731041 ||| cGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGc < 1:411027/288‑1 (MQ=255) ggggCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCa < 1:2746619/289‑1 (MQ=255) gctgctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTTTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTCTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTg > 1:2951885/1‑289 (MQ=255) gctgctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATcaca < 1:1383951/286‑1 (MQ=255) ctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGt > 1:1328324/1‑289 (MQ=255) ctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGt > 2:3106479/1‑289 (MQ=255) tAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTaa > 1:1702023/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |