Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,731,363 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,731,363 | 0 | A | T | 100.0% | 809.3 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,731,364 | 0 | G | C | 99.4% | 807.8 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (165/170); minor base A (0/2); total (165/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,731,365 | 0 | T | A | 100.0% | 817.2 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (165/172); total (165/172) |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
AACCCACTTTCGGAACGCGATGGAATATTCCGCTATCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATAGTATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCAGTCTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATCACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAGGTGTGGTACGAGTGCGTGCTGCCGGAAGATCGCCAGCATGCC > CP042583/1731083‑1731641 ||| aaCCCGCTTTCGGAACGCGATGGAATATTCCGCTATCGGTATGGAGTTAATGGGAACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACCGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTg < 2:1951748/289‑1 (MQ=255) aaCGCGATGGAATATTCCGCTATCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATg > 1:2919130/1‑289 (MQ=255) aTGGAATATTCCGCTATCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCAcg < 2:1677536/288‑1 (MQ=255) aTGGAATATTCCGCTATCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGAAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCAcg < 2:1057228/288‑1 (MQ=255) tCCGCTATCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGCTGCGCCACACGGATGGCCCCCCGCTCTAtt > 2:1980998/1‑289 (MQ=255) gCTATCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGGGTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCGGCGCGGACTCACCTTTCAGCAAATGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGGTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTa < 1:2528666/289‑1 (MQ=255) tCGGTATGGCGTTAGTGGGCACCGAGGGACAATGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCAcg > 1:351707/1‑272 (MQ=255) 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tGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTg > 2:901958/1‑222 (MQ=255) tGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGc > 2:1312715/1‑288 (MQ=255) tGGCTGCAAACCAACAAAGCGCTCTGCCAGTTTCTCGGGTACAGTCAGGAAGAGCTGCGCGGACTCACCTTTCAGCAACTGACCTGGCCGGAGGATCTCAATAAAGATCTCCAACAGGTTGAAAAGCTGATAAGCGGTGAAATAAACACCTATTCAATGGAAAAACGCTACTACAACCGCAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGc > 1:3298594/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |