Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,735,258 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,735,258 | 0 | A | T | 100.0% | 798.0 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (150/185); total (150/185) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,259 | 0 | G | C | 99.7% | 798.8 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (150/184); total (150/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,260 | 0 | T | A | 99.4% | 795.6 / ‑5.9 | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/184); minor base C (1/1); total (150/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CGCAATGATGTTGCACATTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGA > CP042583/1734981‑1735532 ||| ttGCACATTCGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGGGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGc > 1:2859587/1‑289 (MQ=255) cGCCAGCAGGCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGGGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCAGTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑Gtg > 1:3148649/1‑288 (MQ=255) gcgaggaggcgcaggcTAAGCTGCCAAGAGGGAGTACTCCGGCGGTGATTGGTCGTCCGTTCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑GGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGACGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑Gtt < 2:1859618/282‑2 (MQ=255) gcgcaggcACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGCTTCAGGGACGTGGTATTCCCGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGCAGACAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGATCATCGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑Gttcgcgtctag > 1:798731/1‑279 (MQ=255) cacaGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGCCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCg < 1:248179/286‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgctg < 1:2522792/289‑1 (MQ=255) ttACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGt > 1:1094431/1‑287 (MQ=255) ttACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGGGGTACGACTGACTGTTCGTTGCTGCGGATGGGGCCGCAGTGGC‑GGTCGGGTCTCCATCGTGAagccagccctcgggcgc > 2:620305/1‑279 (MQ=255) gCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgct > 1:491849/1‑275 (MQ=255) gCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgct < 2:491849/275‑1 (MQ=255) cGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGt < 1:1755178/287‑1 (MQ=255) aTTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgc > 2:1290441/1‑268 (MQ=255) aTTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCGGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCCGCCTTCTGGGTCACAGTGGGTGCCgga > 2:1682932/1‑287 (MQ=255) gtgtcgtcCGCTGAACGTCCAGAGGATGGG‑GGTGAGTGAAC‑CAAACACCCCGGCGAAAGGGGTTCTGGAAGGCGCGGCGAAGCGTGGCGGTTTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTAtt < 2:2572052/287‑1 (MQ=255) tcgtcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTgg < 1:690585/288‑1 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGcc > 2:2445930/1‑222 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGA‑TGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGcc < 1:2445930/222‑1 (MQ=255) cagtacaaagtCCAGGAGCTGGGGGGTGA‑‑GAAGTCAAACACCCAGGCGCAAGGGGTGCGGGAACGCGCGGGGAGGCGTGCTGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCACGGCTGGGCTGGATTACGAGGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 2:2370471/279‑1 (MQ=255) agATCAACTTCCGGGGGCTGGGCGGGGG‑AGAAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGGGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 2:2652148/287‑1 (MQ=255) 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tga‑tgaAG‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGttt > 1:717069/1‑289 (MQ=255) g‑CAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGC‑GTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTaaaaa > 1:1149165/1‑287 (MQ=255) aaCACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGGGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGTCGTGGCTGTCG‑CGTCTCGATCGGTCTGCCAGCCCGCTGGGTCACAGTTGTTGCCGTATTTGCGGTAACGGTTCGGATCACCCGCAGCCTTTTAAAAACCTGa > 2:510413/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |