| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 511,054 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 511,054 | 0 | G | C | 100.0% | 635.1 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 511,055 | 0 | C | G | 100.0% | 634.5 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (121/144); total (121/144) | |||||||||||
| * | CP042583 | 511,056 | 0 | T | A | 99.6% | 640.2 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (120/144); minor base C (1/0); total (121/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
TGCACTCATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCACTGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAAGCTCTGGCTCACGGCACTTGGGGTGATATATAGACTTTCAGCAGCTTTGCTAATGCTTAAATGCTGGTAAATACACTCAAATATGACAAGAAGATTTAAGTCGAACTTTTTCAAGTCGTAGAGATTGGCCATACACTACTCCGGTTATATTTTTCTTCCATGATATATTCACTTAATCAATGTTTTTTGCGTATATATTTTTATTGATTATGTTTTTTTGCTTAACTCAGGATTAAGTTTTTCTAAAATAGCACAG > CP042583/510775‑511309 ||| tgctgacATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAACGACTGGCTc > 1:2773345/7‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |